Bóle głowy nie są objawem typowym dla choroby Fahra. W przebiegu tego schorzenia obserwuje się przede wszystkim zmiany w psychice, ruchy mimowolne, zaburzenia poznawcze, zmiany w napięciu mięśniowym, zaburzenia chodu. Należy odróżnić chorobę od zespołu Fahra - w przypadku zespołu zmiany obserwowane w badaniach obrazowych mózgu są skutkiem chorób towarzyszących.