Śmiertelność w ostrym zapaleniu wątroby typu C jest niska. Istnieją pewne czynniki ryzyka przejścia zapalenia w fazę przewlekłą (m. in. wiek powyżej 40 lat, zakażenie związane z przetoczeniem krwi, bezobjawowy przebieg ostrej fazy, płeć męska, zmienne wartości ALT, czy stosowanie leków immunosupresyjnych). W przewlekłym zapaleniu wątroby typu C śmiertelność w ciągu 10 lat u chorych z wyrównaną marskością wynosi 20%, a u chorych z jawną niewydolnością wątroby 50% w ciągu 5 lat.