O wskazaniach do zabiegu operacyjnego leczenia kostniaka decyduje lekarz laryngolog. W chwili obecnej nie ma dostępnych leków, które mogłyby spowodować ustąpienie objawów, tym bardziej wyleczenie kostniaka. W razie objawowego przebiegu wskazane jest wykonanie zabiegu, zaleganie wydzieliny w obrębie ucha grozi pojawieniem się stanu zapalnego, który może rozprzestrzeniać się na inne struktury ucha. W przypadkach bezobjawowych kostniaków leczenie zabiegowe nie musi być wdrożone, jeżeli natomiast kostniaki wywołują inne nieprawidłowości, to w zależności od stopnia ich nasilenia należy zastanowić się nad zasadnością zabiegu.
